当院は、改築を経て昭和５０年に新駒込病院として開設されました。都内全域を対象に、がんと感染症を中心とする疾患の高度な医療サービスを行う特殊専門医療機関としての役割を果たすとともに､総合病院としての地域医療サービスも行っています｡
１ がん医療
がん専門病院として、がんの専門診療各科を設置するとともに、内視鏡、放射線診療、病理などの中央診療部門を充実して高度ながん治療を患者さんに提供しています。また、キャンサーボードの実施など、各診療科が横断的に連携して集学的医療を推進しており、個々の患者さんにとって最適ながん医療を提供しています。
厚生労働省から「都道府県がん診療連携拠点病院」及び「造血幹細胞移植推進拠点病院」の指定を受けており、地域の医療機関との連携や専門研修の実施など、東京都全域（移植医療においては関東甲信越地域）の社会基盤整備の一端を担っています。
２ 感染症医療
当院の歴史は明治１２年のコレラ避病院にさかのぼります。これまでの長い歴史の中で、伝染病を含む感染症に対する臨床・研究実績が当院には集積されており、感染症治療はがん治療と並ぶ当院の医療の柱となっています。
東京都から「第１種・第２種感染症指定医療機関」の指定を受けて感染症の治療に取り組んでいるほか、 「エイズ診療中核拠点病院」 の指定も受け、エイズ診療にも積極的に対応しています。
３ 総合診療基盤
高度専門医療を支える総合診療基盤を整備していることも当院の特色のひとつです。社会の高齢化が進むにつれ、様々な合併症を持つ患者さんが増えていますが、院内各科の連携により一人ひとりの患者さんに最適な治療を選択し実行することが可能であり、困難な病気であっても安心して一貫した治療を受けることができます。