（注）○は当院で診療している指定難病
| 告示番号 | 指定難病名（消化器系疾患） | 当院での診療 |
|---|---|---|
| 91 | バット・キアリ症候群 | |
| 92 | 特発性門脈圧亢進症 | |
| 93 | 原発性胆汁性肝硬変 | |
| 94 | 原発性硬化性胆管炎 | |
| 95 | 自己免疫性肝炎 | |
| 96 | クローン病 | |
| 97 | 潰瘍性大腸炎 | |
| 98 | 好酸球性消化管疾患 | |
| 99 | 慢性特発性偽性腸閉塞症 | |
| 100 | 巨大膀胱短小結腸腸管蠕動不全症 | |
| 101 | 腸管神経節細胞僅少症 | |
| 289 | クロンカイト・カナダ症候群 | |
| 290 | 非特異性多発性小腸潰瘍症 | |
| 291 | ヒルシュスプルング病（全結腸型又は小腸型） | |
| 292 | 総排泄腔外反症 | |
| 293 | 総排泄腔遺残 | |
| 295 | 乳幼児肝巨大血管腫 | |
| 296 | 胆道閉鎖症 | |
| 298 | 遺伝性膵炎 | |
| 299 | 嚢胞性線維症 | |
| 338 | 進行性家族性肝内胆汁うっ滞症 |