1980（昭和55）年、東京都は、"スモン"と"水俣病"の臨床的病態の解明に大きな貢献をした椿忠雄新潟大学脳研究所神経内科教授を初代院長に迎えて、脳神経系の専門病院として都立神経病院を開設しました。開設以来、当院はあらゆる脳神経系疾患、特に神経・筋難病に対する高度専門医療を都民に提供することを目的に歩んでまいりました。以下にこれまでの当院の歩みを記します。
| 昭和45年 | 神経総合センター(仮称)設立促進大会（スモンの会、東京進行性筋萎縮症協会主催）で神経専門病院の建設を東京都に要望 神経病院設立準備委員会を設置 |
|---|---|
| 昭和46年 | 都立府中病院（当時）に神経内科外来を開設 |
| 昭和47年 | 都立府中病院（当時）に神経内科病床を開棟 神経病院建設委員会を設置 |
| 昭和52年 | 本館病棟建設工事着工 |
| 昭和55年 | 都立神経病院開院 神経内科病棟を開棟 |
| 昭和56年 | 小児科病棟、脳神経外科病棟を開棟 |
| 昭和57年 | 耳科、麻酔科を設置 |
| 昭和58年 | 歯科、眼科を設置。ICUを開棟 |
| 昭和60年 | 混合病棟開棟 |
| 平成10年 |  (財)日本医療機能評価機構 病院機能評価(一般病院種別B)の認定を受ける |
| 平成14年 |  東京都神経難病医療拠点病院の指定を受ける。東京神経難病医療ネットワーク事業に参加する。 |
| 平成17年 | 神経内科専門臨床研修医（シニアレジデント）の研修を開始 |
| 平成18年 | 患者と家族等のためのアメニティスペース「談話室」開設 |
| 平成20年 | 医療法施行令の改正に伴い、標榜診療科名を変更 旧：神経内科、小児科、眼科、放射線科 新：脳神経内科、神経小児科、神経眼科、神経放射線科 |
| 平成21年 | 電子カルテシステムを導入 |
| 平成22年 |  開院30周年記念都民セミナー「神経難病からのヒント 介護に役立つコミュニケーションの工夫」を都庁で開催 |
| 平成26年 | ボトックス外来を開設 |
| 平成27年 |  マイボイス外来を開設 |
| 平成28年 | 神経病院を改築し、難病医療の拠点として整備することを東京都が表明 |
| 平成29年 | 東京都多摩難病相談・支援室開設（東京都福祉保健局からの受託事業） もの忘れ診断外来開設（多摩総合医療センターにて） |
| 平成30年 | 東京都難病診療連携拠点病院指定（2024年3月31日まで） ロボットスーツHAL®（医療用下肢タイプ）を使用したリハビリの試行開始 |
| 平成31年 | 科学研究費補助金取扱規定大2条第1講第4号に規定する研究機関に指定（臨床研究室） ロボットスーツHAL®（医療用下肢タイプ）を使用したリハビリの本格実施 |
| 令和2年 | 外国人患者受入れ理療機関認証制度（JMIP）認証取得 |
| 令和3年 | ALS/MNDセンター開設、神経病院1階に「専門外来」開設 包括的てんかん専門医療施設認定取得（2023年9月30日まで） |
| 令和4年 | 地方独立行政法人化 |
